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I Jutsu sono divisi in tre categorie: Arti Illusorie (Genjutsu), Arti Magiche (Ninjutsu), e Arti Marziali (Taijutsu).
In base alla difficoltà o all'abilità necessaria per eseguire una tecnica, questa viene classificata. Ci sono un totale di sei livelli, più due livelli informali per speciali circostanze. Il livello di una tecnica non indica necessariamente che questa sia più efficace di una tecnica di livello più basso ma solo che è più complicato eseguirla in modo corretto. La totale efficacia di un Jutsu è largamente basata sulle abilità individuali e le circostanze. I due livelli non ufficiali sono le Tecniche Segrete (秘伝, Hiden?) e le Tecniche Proibite (禁術, Kinjutsu?). Le Tecniche Segrete sono Jutsu segreti passati di generazione in generazione all'interno di un clan. Queste tecniche non sono classificate in quanto nessuno al di fuori del clan conosce come eseguirle. Da notare come tra le tecniche basate sulle abilità innate non vi siano tecniche segrete proprio perché il segreto non è necessario per proteggerle dall'essere rubate.
Le Kinjutsu, d'altra parte, cadono spesso sotto uno dei sei livelli principali, ma sono un'eccezione perché è proibito impararle (o per lo meno eseguirle). Una tecnica può essere classificata come Kinjutsu se questa risulta eccessivamente pericolosa per utilizzatore, come l'apertura delle otto porte o la Tecnica Superiore della Moltiplicazione del Corpo, o se viene considerata immorale dal villaggio,

Le Arti Magiche (Ninjutsu) sono quelle che si riferiscono praticamente ad ogni tecnica che usa il chakra e che permette all'utilizzatore di fare qualcosa che altrimenti non sarebbe capace di fare. Diversamente dai Genjutsu, che provocano delle allucinazioni all'avversario, l'effetto dei Ninjutsu è reale. Il Ninjutsu si basa sul chakra e la maggior parte delle volte sui sigilli delle mani (ogni sigillo mostra un differente animale dello Zodiaco Cinese) per essere efficace. Le mani vengono messe in posizioni sequenziali che modellano il chakra nel modo necessario per eseguire il jutsu. Tuttavia questo non è sempre necessario e alcuni dei jutsu più semplici sembrano diventare una seconda natura per i ninja esperti, e sono in grado di eseguirli con la volontà. Inoltre alcuni Ninjutsu possono essere classificati come jutsu elementali in quei casi dove sono utilizzati specifici elementi.


Le Arti Illusorie (Genjutsu) sono tecniche che usano il Chakra presente nel sistema nervoso della vittima per creare illusioni; praticamente è un avanzato Ninjutsu mentale. Coloro dotati di abilità speciali come lo Sharingan del Clan Uchiha o quelli molto intelligenti sono molto abili ad eseguire e contrastare Genjutsu, dal momento che la chiave è l'attenzione ai dettagli. La più comune Genjutsu vista è la semplice creazione di allucinazioni, provocando nella vittima sensazioni che non sono reali con l'obiettivo di manipolarle. In altre parole le tecniche illusorie attaccano i cinque sensi benché esistano altre applicazioni per i Genjutsu. Coloro i quali sono sotto l'influenza di un Genjutsu o si paralizzano sul posto o perdono coscienza, ciò dipende da quanto sono abili nel riconoscere e difendersi dai Genjutsu.

Ci sono diversi modi per contrastare una tecnica illusoria. Dal momento che questa usa il Chakra dell'avversario, la vittima può cancellare un Genjutsu interrompendo il proprio flusso di Chakra. Questo metodo è chiamato Genjutsu Cancel Alternativamente, nel caso fallisse la cancellazione del Genjutsu, un intenso dolore può riportarlo alla realtà. Infine qualcun altro può interrompere il flusso di Chakra del compagno donandogli una parte del proprio liberandolo dal Genjutsu . Il livello di un Genjutsu determina la difficoltà di scioglierlo

Le Arti Marziali (Taijutsu) si riferiscono a qualsiasi tecnica che involve il combattimento corpo a corpo con l'ottimizzazione delle abilità naturali umane in generale tramite dei Ninjutsu specifici per la mischia. In altre parole, il Taijutsu è eseguito accedendo direttamente alla resistenza dell'utilizzatore, piuttosto che convertirla in chakra come per eseguire un Ninjutsu o un Genjutsu. Ciò significa che il Taijutsu è molto più veloce da eseguire del Ninjutsu o del Genjutsu. In alcuni casi, il chakra è utilizzato per migliorare le tecniche, in particolare nello stile Pugno Gentile (Juken) del Clan Hyuga. Generalmente parlando tuttavia un utilizzatore di Taijutsu raramente usa il chakra nei suoi attacchi.