Tokio Mew Mew World

Protagonista della storia è Strawberry Momomiya (Ichigo Momomiya), una ragazza di 13 anni. Durante il suo primo appuntamento con Mark Aoyama (Masaya Aoyama), a una mostra sugli animali in via d'estinzione, viene colpita da un misterioso raggio che trasferisce nel suo patrimonio genetico il DNA di una specie animale molto rara, il gatto selvatico di Iriomote. Da quel momento Strawberry è in grado di trasformarsi in Mew Berry (Mew Ichigo). I responsabili dell'accaduto sono due ragazzi, Ryan Shirogane (Ryo Shirogane) e Kyle Akasaka (Keiichiro Akasaka), i quali la invitano a lavorare nel loro locale, il Caffè Mew Mew, usato come copertura per il loro importantissimo progetto segreto: il Progetto Mew.

I ragazzi le spiegano che degli extraterrestri stanno minacciando la Terra e che solo la formazione di una squadra di supereroine, le Mew Mew, potrà contrastarli ed evitare la distruzione della razza umana. Ogni componente del gruppo è stata selezionata perché idonea a ricevere il DNA di alcune specie di animali in via d'estinzione, proprio come accaduto a Strawberry, e da questo DNA può trarre i poteri e la forza necessari ad affrontare e combattere i nemici. Il gruppo è formato da cinque elementi e Strawberry avrà il compito di trovare e radunare le quattro ragazze mancanti: la benestante Mina Aizawa (Mint Aizawa), la timida Lory Midorikawa (Lettuce Midorikawa), l'esuberante acrobata Paddy Wong (Pudding Wong) e la famosa modella Pam Fujiwara (Zakuro Fujiwara).

In città sono comparse delle creature mostruose e distruttive, chiamate Chimeri, frutto della fusione tra la forza vitale di un animale o di un umano e un alieno-parassita simile a una medusa. La loro apparizione è opera dell'alieno Quiche, il quale a sua volta assiste ed esegue gli ordini di Profondo Blu (Deep Blue), un'entità misteriosa che considera gli umani esseri inferiori di ostacolo ai suoi oscuri piani.

Le Mew Mew intervengono di volta in volta per sventare le offensive di Quiche che, nonostante si rammarichi di non poter soddisfare le aspettative del suo leader, allo stesso tempo sembra sempre più attratto dall'abilità delle sue nemiche e in particolar modo da Strawberry/Mew Berry, della quale finisce per innamorarsi.

La lotta continua tra le Mew Mew e gli alieni, fino a che si aggiungono nuovi nemici: Pie e Tart, due alieni amici di Quiche. Fa anche la sua apparizione il Cavaliere Blu, un personaggio enigmatico, che accorre ogni volta a proteggere Strawberry nei momenti di pericolo, sostenendo che questo è il suo compito. Nel frattempo si fa sentire sempre di più la presenza e l'esistenza della cosiddetta Aqua Mew, un potente cristallo che tutti desiderano ma la cui ubicazione è sconosciuta. Esso potrebbe cambiare le sorti della battaglia, permettendo alle Mew Mew di salvare il pianeta, oppure agli alieni di dare via al tanto agognato risveglio di Profondo Blu, il cui potere sarebbe definitivamente in grado di spazzare via la razza umana, permettendo agli alieni di tornare sulla Terra.